Nesta época quinhentista, os avultados proventos económicos que a expansão marítima realiza, fazem o país conhecer a abastança. A próspera Condeixa vai-se vestindo de roupagens fidalgas, com a edificação de palácios e solares, de famílias nobres. Um outro indício do seu desenvolvimento, apontado já nos finais do século XVIII, traduziu-se no reforço da sua importância viária com a reconstrução e alargamento da estrada real (Lisboa-Condeixa-Coimbra) – atual IC2 – pela qual circulava a mala-posta.

No século XIX, porém, Condeixa foi palco de movimentações de forças belígeras que interromperam bruscamente o seu progresso. Assim sucedeu com a terceira invasão francesa, pela qual a freguesia, saqueada e incendiada, conheceria o violento rasto de destruição deixado pelas tropas de Massena, que não poupou nem os palácios, nem mesmo a Igreja Matriz. Por outro lado, as lutas intestinas que sacudiram o país durante o período de instauração do Liberalismo fizeram voltar a soar os acordes marciais.

Só em meados desse século, Condeixa-a-Nova alcançaria a emancipação administrativa que reclamava e que chegou por intermédio da rainha D. Maria II que, em 1838, a eleva a concelho (benesse que será suspensa e definitivamente restaurada em 1852) e, por fim, à categoria de vila em 1845.